水流借着减少界线层(boundary layer)的厚度或扩散阻力(diffusion resistance),因而增加了水草对于溶解无机碳(DIC)的吸收。Sandergaard 等人于 1979 年就发现了搅动的水对 CO2 与光合作用的影响:水的流速由每秒钟 0.03 cm 增加至 0.46 cm 时,水草细胞界线层的厚度由 9.1 mm 降至 2.3 mm。但就算最薄的界线层也都比沈水质物的叶片还要厚。水流增加了,导致了界线层厚度的减少,而连带的光合作用的净产值也增加了。不论如何,水流的增加程度对于光合作用净产值的促进,还是有其极限的。
通常水流速度超过每秒钟 1 cm 时,光合作用其实是会降低而不是增加。根据 Madsen 等人于 1993 年发表的研究显示:当水流速度增加至每秒钟 1.5 cm 时,水马齿(Callitriche cophocarpa)的成长速率会增加,但当水流超过这个速度时,成长速度就会减缓。可是,同一作者群针对另一种水马齿(Callitriche stagnalis)的研究却发现,当水流速度由每秒钟 1 cm增加至 4 cm 时,其净光合作用减少了 13-29%。他们同时还发现,当水流速度超过每秒钟 1 cm 时,不但净光合作用减少了,呼吸作用也会同时增加。他们发现在净光合作用的降低当中,有 16-67% 是因为呼吸作用增加所致。
一般而言,当水流速度增加至高速时(如每秒钟大于 100 cm),生物质量(biomass)的损失才是光合作用产值降低的主要因素。无论如何这都必须是品种而定的。例如毛茛(Ranunculus aquatilis)能够成长于速度高达每秒钟 20 cm 的水流中,其最大成长速率发生于水流每秒钟 11 cm 的速度中,当水流速度降低至每秒钟 2 cm 或增加至每秒钟 23 cm 时,毛茛的成长速度便会降低的。某些海水沈水植物也能够成长在水流速度达每秒钟 30 cm 的环境中,而有些海水藻类更可以在每秒钟大于 100 cm 的水流中丝毫不受影响。比较值得注意的是 Kaspar Horst 与 Horst Kipper 两人和着的「最完美水草水族箱」一书当中,提到了泰国一些大叶片的水草(如椒草)的原产地之水流速度高达每秒钟 3.5 m(相当于时速 12.6 公里),因此建议如果我们要栽培如椒草或皇冠草,就必须要有强劲的水流。